固体废物与物理环境研究所（生态环境工程技术研究组）是我院从事固废和水污染治理与生态修复工程的职能部门，主要开展水生态环境污染治理修复工程技术开发与应用研究；开展固体废物处理处置和化学品污染防治等理论和应用技术研究，以及噪声、光污染等物理环境研究和技术支撑工作；开展污水深度处理及资源化利用技术研发；同时开展了污染治理与生态修复方面的咨询、设计、工程管理及污染治理设施的运行管理及第三方环境技术管理等方面的业务。负责广东省污水深度处理及资源化利用工程技术研究中心、广东省低能耗污水处理工程技术研究中心和广东省环境保护污水高质化利用工程技术研发中心的日常管理工作。从事国家生态环境部实验室的饮用水水源地管理相关的生态环境污染治理修复工程技术研究工作。现有研发及设计人员30余人，设施运行管理团队50余人，持有建设部颁发的水污染防治工程专项乙级设计资质、国家环境污染治理设施运营乙级资质（生活污水、工业废水）、生态建设和环境工程咨询乙级资质、深圳市环境保护工程技术资格（废水甲级、废气丙级、噪声丙级）并拥有30项专利技术。