本站现有员工166名，其中博士15人，硕士31人，高级工程师54人（教授级高工6人），中级职称20人。实验基地大楼1万m2，运营管理生态安全监测基地5个及遍布全市的生态环境自动监测站点，固定资产近6亿元。在深圳市福田区梅林梅坳七路8号有一栋功能较为齐全、总建筑面积一万平方米的监测大楼，拥有固定资产和仪器设备原值超过伍亿元（含市生态环境局名下监测资产），具有固定的、临时的和可移动的监测仪器设备和设施。主要仪器有：气相色谱仪（GC）、气相色谱质谱仪（GC-MS）、气相色谱-三重四级杆质谱仪（GC/MS/MS）、高分辨气相色谱高分辨质谱仪（HRGC/HRMS）、离子色谱仪（IC）、液相色谱仪（HPLC）、液相色谱-三重四级杆质谱仪（LC/MS/MS）、红外光谱仪（IR）、红外分光测油仪、总有机碳分析仪（TOC）、电感耦合等离子体质谱仪（ICP-MS）、电感耦合等离子发射光谱仪（ICP-AES）、原子吸收分光光度计（AAS）、原子荧光光谱仪（AFS）、流动注射分析仪（FIA）、微生物毒性测定仪、车载烟气自动监测仪、便携式光合作用测量系统、倒置显微镜、挥发性有机气体检测仪、全自动大气监测车以及大气、噪声、水质、生物和土壤等监测仪器。本站已建立应急监测车载系统、大气自动监测系统、河流水质自动监测系统、噪声自动监测系统、生态环境监测感知平台、数据中心及生态环境监测一体化平台。在深圳市福田区北环路梅林多丽工业区建设了一个核与辐射测量与分析实验室。实验室建筑面积为2300平方米，拥有多种大型实验室分析设备（包括超低本底宽能γ能谱仪、反康普顿γ能谱、四路低本底总放计数器、全自动热释光读出仪、超低本底液体闪烁仪、α能谱等），可开展大气、土壤、水中放射性含量监测，同时具备生物、食品、核设施流出物中放射性含量监测的能力，是全国地市级中辐射监测设备最全的实验室。