我院拥有建筑面积约3000平方米的独立办公楼，办公与设备环境达国内先进水平，内有多功能报告厅、大型多媒体会议室，可满足近100人的办公与科研需要。

　　我院的研究与实验基地占地面积2.25万平方米、科研实验大楼建筑面积1500平方米，另外配套建有近万平方米的微生物菌种研发中心、污水处理新技术试验中心、中试研发中心、湿地植物筛选育苗场、大气试验中心等。主要针对以深圳为典型代表的城市环境污染问题，从水环境质量改善技术、环境微生物学与环境生物技术、环境生态学与生态工程技术、大气污染控制等四个方面进行技术开发。

　　我院拥有生态环境部依托建设的国家环境保护饮用水水源地管理技术重点实验室；省科技厅认定的广东省污水深度处理及资源化利用工程技术研究中心、广东省低能耗污水处理工程技术研究中心，省生态环境厅批准建设的广东省环境保护污水高质化利用工程技术研发中心，深圳市科技创新委批准建设的深圳市饮用水水源地安全保障重点实验室、深圳市水环境中新型污染物检测与控制重点实验室。

　　我院投入大量资金建设了甘坑、洪湖两个污水处理技术中试基地，占地面积5000平方米，主要设备30座，主要用于水污染治理和水生态修复技术的开发、中试和改良，先后承担了2项国际合作、1项国家863项目及大量省、市重点项目。

　　我院从国外所引进了ADMS大气数学模拟模型、WASP水质数字模型以及CADNA/A噪声模型等多种先进环境模拟数学模型，以及ERDAS遥感解译软件，拥有目前先进的GIS图形工作站及高速网络系统。